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Pippin HT在回收miRNA测序文库中的应用

背景microRNA长度在18-30bp之间,illumina测序接头长度约为126bp,因此需要将构建的文库中144-156bp回收,并达到上机测序要求浓度200pg/ul。

 

实验内容:使用total RNA样本构建的micro RNA文库在Pippin HT仪器上进行测试。

 

目的:将回收范围控制在140-160bp,去除空接头126bp,以及较大片段188 bp。

 

结果如下

上样量20ul,回收纯化后体积为10ul
 

 1. Total RNA构建的microRNA文库(回收前)

 

2. Total RNA回收后文库

 

总结:

使用Pippin HT target 145的模式能够回收到的主峰大小在151bp左右,这是microRNA文库比较理想的主峰,相应回收得率高于50%。相比繁琐的手工PAGE切胶,pippin HT 只需要38分钟即可完成microRNA文库的精确回收,整个过程仪器全自动操作,避免了人为经验的误差和不稳定性。

 

NEBSmall RNA 建库试剂盒中有推荐使用Sage Science 的仪器

NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep SetFor Illumina

 


Pippin HT仪器图

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