文献速递：Pippin HT系列全自动DNA片段回收仪联用Illumina测序平台，用于乳腺癌ctDNA的检测方法研究
Comparison of tumor‐informed and tumor‐naïve sequencing assays for ctDNA detection in breast cancer【EMBO Molecular Medicine】
乳腺癌ctDNA的知情和不知情测序分析比较
期刊：EMBO Molecular Medicine（IF： 11.1）
发表年份：2023
物种：人乳腺癌患者血浆样本中ctDNA（ctDNA in plasma samples from breast cancer patients）
文库类型：185 - 280 bp ctDNA（ctDNA）
ctDNA文库富集和精准回收：Sage Science公司Pippin HT系列全自动 DNA片段回收仪
ctDNA测序：Illumina NovaSeq 6000二代测序仪
通过分析循环肿瘤DNA (ctDNA)来监测癌症动态和检测微小残留疾病，已成为肿瘤研究及筛查的主要技术手段之一。而关于ctDNA多种分析方法间的比较却较少谈及。本文中，作者使用乳腺癌患者血浆样本，应用肿瘤知情和肿瘤不知情分析法，比较了多重PCR、杂交捕获和不同深度的全基因组测序方法对ctDNA检测的差异，如分析样本结构变异（SVs）、单核苷酸变异（SNV）和/或体细胞拷贝数畸变（SCNAs）的差异。
结果表明，当使用不同的检测方法分析相同的患者样本时，动态ctDNA和等位基因分数 （AF） 高度一致。其中肿瘤知情分析在低浓度下检测ctDNA的灵敏度最高；靶向 1,347 至 7,491 个肿瘤鉴定突变的深度混合捕获测序是最灵敏的检测方法，可检测低至 0.00024%（百万分之 2.4，ppm）的 AF 的 ctDNA。靶向每位患者 21-47 个肿瘤鉴定的 SV 的多重 PCR 可检测到低至 0.00047% AF （4.7 ppm） 的 ctDNA，具有作为临床检测的潜力。
在ctDNA测序文库构建步骤中，使用PippinHT系列全自动DNA片段回收仪回收185 – 280bp的DNA片段，最大程度上保留来自肿瘤源的ctDNA，灵活、高效去除接头二聚体，从而获得高质量的ctDNA测序数据。
原文
Santonja, Angela, et al. "Comparison of tumor‐informed and tumor‐naïve sequencing assays for ctDNA detection in breast cancer." EMBO molecular medicine (2023): e16505.
Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家，拥有美国技术专利，各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收，广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。
2023年Sage Science全新推出最新Pippin24全自动核酸电泳回收分析系统，该系列在保留PippinHT高速高通量的特点之上，配置选择上更加灵活，既可以为短片段回收的用户提供更具性价比的产品，也可以通过模块配置升级实现片段筛选回收、电泳图谱分析、核酸浓度测定等更多更全面的功能。
环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收仪的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。
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