全自动DNA脉冲场电泳回收仪在医学研究领域的应用
近些年，随着“精准医学”的不断发展和完善，相关基因层面的研究必不可少。基因测序技术凭借其高效、全面、深入的特性，已经成为医学领域常用分子生物学研究技术，例如生殖、肿瘤、遗传病以及病原微生物等研究都离不开基因测序技术，涉及疾病发生、诊断、治疗和监测等。来自美国Sage Science公司的全自动DNA脉冲场电泳回收仪，可高效、精准完成DNA片段的分选和回收，极大提升测序的质量和效率。Sage Science公司深耕DNA片段回收领域多年，其产品具有精、微、高、大、省的特点，且依据目标片段长短和通量分为多种型号，以满足不同使用需求。
Sage Science 全自动DNA脉冲场电泳回收仪
•精 --- 精确度高（回收精确度达93-99%）
•微 --- 低起始量（低至ng级，控制时间回收，不直接检测样品）
•高 --- 高回收率（50-80%的回收得率）
•大 --- 大分子DNA（脉冲场电泳分离回收kb-Mb大小的DNA片段）
•省 --- 省时间（5分钟的手工操作时间，无需额外制胶和切胶）
医学领域应用部分案例分享
♦ Illumina测序平台
1.miRNA-seq：文章旨在揭示肾母细胞瘤候选驱动基因的表观调控机制。
miRNA-seq部分，使用Pippin prep筛选混合后的miRNA 文库，提升文库长度均一性【1】。
2.ChIP-seq/ATAC-seq：文章通过整合转录组学和表观基因组分析，表明表观遗传学疗法中重新激活促炎基因表达，可能对抗肿瘤免疫和炎症疾病具有治疗意义。
ChIP-seq/ATAC-seq文库构建过程，使用Pippin Prep筛选200-500bp目标片段，提升测序准确性【2】。
3.cfDNA甲基化：本研究通过液体活检技术，分析局限性和转移性前列腺癌症患者cfDNA甲基化的差异，显示cfDNA甲基化差异可以进行疾病分型，预测准确率为0.989。
Pippin Prep富集cfDNA，提升检测灵敏度【3】。
4.HLS-CATCH：文章意在通过家族人群基因分析，了解林奇综合征相关的肿瘤疾病。
其中为了提高母本单倍体分型的分辨率，在SageHLS仪器上使用“CATCH 100–300kb extr1h-sep3h.shflow” 进行0.3-Mb基因座的分离，进行目标区域高深度测序【4】。
5.全基因组测序：本研究对143个人胚胎干细胞系进行了全基因组测序（WGS），并对SNV和SV进行注释，了解变异与生物学表型的关系，这有助于选择合适的细胞系用于科学研究或者临床应用。
Pippin Prep筛选370bp±10%目标片段，提升测序准确性【5】。
6.small RNA：该研究通过small RNA测序验证与生育相关的精子small RNA，并探讨了它们改变胚泡发育的潜在机制。
small RNA文库构建，使用Pippin HT进行回收，可以去除引物二聚体并获得目标small RNA【6】。
♦ Pacbio测序平台
1.本文首次将长读长测序用于描述人类胰腺导管上皮癌变过程中结构变化的特征。
通过原位Hi-C技术（技术中使用Sage ELF回收8-12kb、14-17kb目标片段）揭示了3D染色质结构的广泛重编程，扩大了对人类癌症SVs发病机制的理解【7】。
♦ Nanopore测序平台
1.文章通过多种测序技术，揭示细胞间结构变异有助于了解三阴性乳腺癌（TNBC）和高级别浆液性卵巢癌症（HGSC）的表型和进化多样性的起源。
Blue Pippin，保留长片段DNA，发挥Nanopore测序仪长读长测序优势，获取更多结构变异信息【8】。
♦ 相关引用文献：
| 【1】 | Gadd, Samantha, et al. "Genetic changes associated with relapse in favorable histology Wilms tumor: A Children’s Oncology Group AREN03B2 study." Cell Reports Medicine 3.6 (2022): 100644. |
| 【2】 | Hogg, Simon J., et al. "Distinct modulation of IFNγ-induced transcription by BET bromodomain and catalytic P300/CBP inhibition in breast cancer." Clinical Epigenetics 14.1 (2022): 1-15. |
| 【3】 | Chen, Sujun, et al. "The cell-free DNA methylome captures distinctions between localized and metastatic prostate tumors." Nature Communications 13.1 (2022): 6467. |
| 【4】 | Vogelaar, Ingrid P., et al. "Large Cancer Pedigree Involving Multiple Cancer Genes including Likely Digenic MSH2 and MSH6 Lynch Syndrome (LS) and an Instance of Recombinational Rescue from LS." Cancers 15.1 (2023): 228. |
| 【5】 | Merkle, Florian T., et al. "Whole-genome analysis of human embryonic stem cells enables rational line selection based on genetic variation." Cell stem cell 29.3 (2022): 472-486. |
| 【6】 | Hamilton, Matthew, et al. "Assessing spermatozoal small ribonucleic acids and their relationship to blastocyst development in idiopathic infertile males." Scientific Reports 12.1 (2022): 20010. |
| 【7】 | Du, Yongxing, et al. "Dynamic Interplay between structural variations and 3D genome organization in pancreatic cancer." Advanced Science 9.18 (2022): 2200818. |
| 【8】 | Funnell, Tyler, et al. "Single-cell genomic variation induced by mutational processes in cancer." Nature (2022): 1-10. |
Sage Science是全球领先的全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家，拥有美国技术专利，各个型号产品可以高效完成不同长度范围DNA片段的精准回收，广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。
环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。
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